一、增值税
（一）进项税额
1.用于抵扣进项税额的增值税专用发票是否真实合法：是否有开票单位与收款单位不一致或票面所记载货物与实际入库货物不一致的发票用于抵扣。
2.用于抵扣进项税额的运输业发票是否真实合法：是否有用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利和个人消费、非正常损失的货物（劳务）、非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（劳务）所发生的运费抵扣进项；是否有与购进和销售货物无关的运费申报抵扣进项税额；是否有以国际货物运输代理业发票和国际货物运输发票抵扣进项；是否存在以开票方与承运方不一致的运输发票抵扣进项；是否存在以项目填写不齐全的运输发票抵扣进项税额等情况。
3.是否存在未按规定开具农产品收购统一发票申报抵扣进项税额的情况。具体包括：扩大农产品范围，把非免税农产品（如方木、枕木、道木、锯材等）开具成免税农产品（如原木）；虚开农产品收购统一发票（虚开数量、单价，抵扣税款）。
4.用于抵扣进项税额的海关进口增值税专用缴款书是否真实合法；进口货物品种、数量等与实际生产是否相匹配。
5.发生退货或取得销售折让是否按规定作进项税额转出。
6.从供货方取得的与商品销售量、销售额挂钩的各种返还收入，是否冲减当期的进项税额。是否存在将返利挂入其他应付款、其他应收款等往来账或冲减营业费用，而不作进项税额转出的情况。
7.用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产是否抵扣进项税额。
8.非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务是否抵扣进项税额。
9.非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物（不包括固定资产）、加工修理修配劳务和交通运输服务是否抵扣进项税额。
10.非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务是否抵扣进项税额。
11.非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务是否抵扣进项税额。
12.购进的旅客运输服务、贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务，是否抵扣进项税额。
（二）销项税额
1.销售收入是否完整及时入账：是否存在现金收入不按规定入账的情况；是否存在不给客户开具发票，相应的收入不按规定入账的情况；是否存在以货易货、以货抵债收入未记收入的情况；是否存在销售产品不开发票，取得的收入不按规定入账的情况；是否存在销售收入长期挂账不转收入的情况；是否收取外单位或个人水、电、汽等费用，不计、少计收入或冲减费用；是否将应收取的销售款项，先支付费用（如购货方的回扣、推销奖、营业费用、委托代销商品的手续费等），再将余款入账作收入的情况。
2.是否存在视同销售行为、未按规定计提销项税额的情况：将自产或委托加工的货物用于非增值税应税项目、集体福利或个人消费，如用于内设的食堂、宾馆、医院、托儿所、学校、俱乐部、家属社区等部门，不计或少计应税收入；将自产、委托加工或购买的货物用于投资、分配、无偿捐助、赠送及将外购的材料改变用途对外销售等，不计或少计应税收入。
3.是否存在开具不符合规定的红字发票冲减应税收入的情况：发生销货退回、销售折让，开具的红字发票和账务处理是否符合税法规定。
4.向购货方收取的各种价外费用（例如手续费、补贴、集资费、返还利润、奖励费、违约金、运输装卸费等等）是否按规定纳税。
5.设有两个以上的机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送到其他机构（不在同一县市）用于销售，是否作销售处理。
6.对逾期未收回的包装物押金是否按规定计提销项税额。
7.增值税混合销售行为是否依法纳税：对增值税税法规定应视同销售征税的行为是否按规定纳税；从事货物运输业务的单位和个人，发生销售货物并负责运输所售货物的混合销售行为，是否按规定缴纳增值税。
8.兼营销售货物、劳务、服务、无形资产或者不动产的纳税人，适用不同税率或者征收率的，是否按规定分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；对不分别核算或者不能准确核算的，是否按主管税务机关核定的货物或者应税劳务的销售额缴纳增值税。
9.按照增值税税法规定应征收增值税的代购货物、代理进口货物的行为，是否缴纳了增值税。
10.免税货物是否依法核算：增值税纳税人免征增值税的货物或应税劳务，是否符合税法的有关规定；有无擅自扩大免税范围的问题；兼营免税项目的增值税一般纳税人，其免税额、不予抵扣的进项税额计算是否准确。
11.根据《关于中央财政补贴增值税有关问题的公告》（国家税务总局公告2013年3号）按照现行增值税政策，纳税人取得的中央财政补贴，不属于增值税应税收入，不征收增值税。不应开具增值税专用发票。
12.是否存在不按文件规定的时间确认收入，递延纳税义务。纳税人发生应税行为并收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天；纳税人提供建筑服务、租赁服务采取预收款方式的，其纳税义务发生时间为收到预收款的当天；纳税人从事金融商品转让的，为金融商品所有权转移的当天；纳税人发生视同销售服务、无形资产或者不动产情形的，其纳税义务发生时间为服务、无形资产转让完成的当天或者不动产权属变更的当天；增值税扣缴义务发生时间为纳税人增值税纳税义务发生的当天。
13.企业是否存在不符合差额征税规定，而按照差额征税方法计算增值税的情形。
14.企业是否存在按税法规定负有增值税扣缴义务的扣缴义务人未依法履行扣缴税款义务。
二、企业所得税
各项应税收入是否全部按税法规定缴税，各项成本费用是否按照所得税税前扣除办法的规定税前列支。具体项目应至少涵盖以下问题：
（一）收入方面
1．企业资产评估增值是否并入应纳税所得额。
2．企业从境外被投资企业取得的所得是否并入当期应纳税所得税计税。
3.持有上市公司的非流通股份（限售股），在解禁之后出售股份取得的收入是否计入应纳税所得额。
4．企业取得的各种收入是否存在未按权责发生制原则确认计税问题。
5．是否存在利用往来账户、中间科目如“其他应付款”、“递延收入”、“预提费用”等延迟实现应税收入或调整企业利润；收取的授权生产、商标权使用费等收入是否计入应纳税所得额。
6．取得非货币性资产收益是否计入应纳税所得额。
7．是否存在视同销售行为未作纳税调整。
8．是否存在各种减免流转税及各项补贴、收到政府奖励，未按规定计入应纳税所得额。
9．是否存在接受捐赠的货币及非货币资产，未计入应纳税所得额。
10．是否存在企业分回的投资收益，未按地区税率差补缴企业所得税。
（二）成本费用方面
1．是否存在利用虚开发票或虚列人工费等虚增成本费用。
2．是否存在使用不符合税法规定的发票及凭证，列支成本费用。
3．是否存在不予列支的“返利”行为，如接受本企业以外的经销单位发票报销进行货币形式的返利并在成本中列支等。
4．是否存在不予列支的应由其他纳税人负担的费用。
5．是否存在将资本性支出一次计入成本费用：在成本费用中一次性列支达到固定资产标准的物品未作纳税调整；达到无形资产标准的管理系统软件，在营业费用中一次性列支，未进行纳税调整。
6．企业发生的工资、薪金支出是否符合税法规定的工资薪金范围、是否符合合理性原则、是否在申报扣除年度实际发放。
7．是否存在计提的职工福利费、工会经费和职工教育经费超过计税标准，未进行纳税调整。
8．是否存在超标准、超范围为职工支付社会保险费和住房公积金，未进行纳税调整。是否存在应由基建工程、专项工程承担的社会保险等费用未予资本化；是否存在只提不缴纳、多提少缴虚列成本费用等问题。
9．是否存在擅自改变成本计价方法，调节利润。
10．是否存在未按税法规定年限计提折旧；随意变更固定资产净残值和折旧年限；不按税法规定折旧方法计提折旧等问题。
11．是否存在超标准列支业务招待费、广告费和业务宣传费未进行纳税调整等问题。
12．是否存在擅自扩大研究开发费用的列支范围，违规加计扣除等问题。
13．是否存在扣除不符合国务院财政、税务部门规定的各项资产减值准备、风险准备金等支出。如按照财税[2009]64号文件的规定，买入返售金融资产不属于风险资产范围，不应计入风险资产减值准备基数，应调整相应的应纳税所得额。根据财税[2012]5号文件的规定，涉农和中小企业贷款中的正常类贷款和非正常类贷款不允许同时计提贷款损失准备金，正常类贷款已按1%计提的准备金应予调整。
14．是否存在从非金融机构借款利息支出超过按照金融机构同期贷款利率计算的数额，未进行纳税调整；是否存在应予资本化的利息支出；关联方利息支出是否符合规定。
15．是否存在已作损失处理的资产部分或全部收回的，未作纳税调整；是否存在自然灾害或意外事故损失有补偿的部分，未作纳税调整。
16．手续费及佣金支出扣除是否符合规定：是否将回扣、提成、返利、进场费等计入手续费及佣金支出；收取对象是否是具有合法经营资格的中介机构及个人；税前扣除比例是否超过税法规定。
17．是否存在不符合条件或超过标准的公益救济性捐赠，未进行纳税调整。
18．子公司向母公司支付的管理性的服务费是否符合规定：是否以合同（或协议）形式明确了服务内9容、收费标准及金额；母公司是否提供了相应服务；子公司是否实际支付费用。
19．是否以融资租赁方式租入固定资产，视同经营性租赁，多摊费用，未作纳税调整。
20．是否按照国家规定提取用于环境保护、生态恢复的专项资金；专项资金改变用途后，是否进行纳税调整。
（三）资产损失方面
企业发生的资产损失，应按规定的程序和要求向主管税务机关申报后方能在税前扣除。对有证据证明申报扣除的资产损失不真实、不合法的，应依法作出税收处理。
（四）关联交易方面
是否存在与其关联企业之间的业务往来，不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用而减少应纳税所得额和应纳企业所得税的情况。
（五）扣缴预提所得税
境内企业向境外投资股东分配股利，是否按规定代扣代缴预提所得税。
（六）其他方面
总分支机构计算企业所得税额分配比例时是否按照文件规定进行计算，有无利用地区间优惠税率少交税款的情况。
三、个人所得税
重点检查以各种形式向个人支付的应税收入是否依法扣缴个人所得税：
（一）为职工发放的年金、绩效奖金。
（二）为职工购买的各种商业保险。
（三）超标准为职工支付的养老、失业和医疗保险。
（四）超标准为职工缴存的住房公积金。
（五）以报销发票形式向职工支付的各种个人收入。
（六）车改、通信补贴。
（七）为职工个人所有的房产支付的暖气费、物业费。
（八）股票期权收入。实行员工股票期权计划的，员工在行权时获得的差价收益，是否按工薪所得缴纳个人所得税。
（九）以非货币形式发放的个人收入是否扣缴个人所得税。
（十）企业为股东个人购买汽车是否扣缴个人所得税。
（十一）赠送给其他单位个人的礼品、礼金等是否按规定代扣代缴个人所得税。
（十二）是否按规定履行全员、全额代扣代缴义务。
四、房产税
（一）土地价值是否计入房产价值缴纳房产税。
（二）是否存在与房屋不可分割的附属设施未计入房产原值缴纳房产税。
（三）未竣工验收但已实际使用的房产是否缴纳房产税。
（四）无租使用房产是否按规定缴纳房产税。
（五）应予资本化的利息是否计入房产原值缴纳房产税。
五、土地使用税
土地实际面积与土地使用证存有差异情况下，是否按照土地实际面积缴纳土地使用税。
六、印花税
（一）是否混淆合同性质，从低适用税率或擅自减少计税依据，未按全部所载金额计税，将应税凭证划为非税凭证，漏缴印花税。
（二）是否应纳税凭证书立或领受时不进行贴花，而直到凭证生效日期才贴花，导致延期缴纳印花税。
（三）增加实收资本和资本公积后是否补缴印花税。